Pouze okrajovými částmi pak do katastrů některých obcí zasahují ještě další čtyři evropsky významné lokality. Jedná se o EVL Nivu Dyje (k. ú. Zaječí; předmětem ochrany jsou lužní lesy, přirozené eutrofní vodní nádrže, nivní louky, sečené louky, včetně významných druhů živočichů), EVL Rumunskou bažantnici (k. ú. Nikolčice; předmětem ochrany jsou vnitrozemské slané louky a smíšené lužní lesy), EVL Vranovický a Plačkův les (k. ú. Pouzdřany, k. ú. Uherčice; předmětem ochrany jsou lužní lesy a přirozené eutrofní vodní nádrže) a EVL Vrbický hájek (k. ú. Vrbice; předmětem ochrany jsou panonské dubohabřiny).
Ptačí oblasti (PO) na území mikroregionu zasahují pouze dvě. PO Hovoransko-Čejkovicko, její rozloha činí 1411,78 ha, ale jen část leží na Hustopečsku v katastrech obcí Kobylí a Vrbice. Zaujímá zde plochu o rozloze 274,22 ha; předmětem ochrany se stala populace strakapouda jižního, pěnice vlašské, strnada zahradního a jejich biotopy. Druhou oblastí je potom PO Střední nádrž vodního díla Nové Mlýny o celkové rozloze 1 047, 46 ha, ale jen 95,88 ha zasahuje do katastrálních území obcí Pouzdřany a Strachotín. V tomto případě je předmětem ochrany populace orla mořského, rybáka obecného, husy velké, husy polní, husy běločelé, a vodních ptáků v počtu vyšším než 20 000 jedinců a jejich biotopy.
Tab.: Evropsky významné lokality na území mikroregionu Hustopečsko
Obr.: EVL Vranovický a Plačkův les
Obr.: Strakapoud jižní
Obr.: Pěnice vlašská
Obr.: Strnad zahradní
NATURA 2000
Na Hustopečsku se nachází také několik lokalit zařazených do soustavy chráněných území evropského významu – Natura 2000. Ta je dle § 3 zákona č. 114/1992 Sb., na území České republiky tvořena vymezenými ptačími oblastmi a vyhlášenými evropsky významnými lokalitami.
Evropsky významných lokalit (EVL) existuje na území mikroregionu Hustopečsko deset; některé z nich se pak částečně překrývají s maloplošně zvláště chráněnými územími. Základní přehled o evropsky významných lokalitách na Hustopečsku poskytuje následující tabulka.